En raison de nombreuses fouilles réalisées dans la Ville et dans la région, les collections archéologiques n’ont cessé de s’enrichir. Des sites préhistoriques se sont révélés aux portes de la ville : Blanzat, Enval, Cébazat … La protohistoire est représentée par des collections importantes :
" Trésor " de Manson, Casque des Martres-de-Veyre, fouilles de la rue Descartes …

Ce sont aujourd’hui les époques gallo-romaines qui bénéficient de la présentation la plus large avec des collections exceptionnelles à plus d’un titre : ex-voto de la Source des Roches de Chamalières (1er s. après Jésus-Christ) ; tombes des Martres-de-Veyre (2ème s.) ; temple de Mercure au sommet du Puy de Dôme (2ème-3ème s.)… Ce premier ensemble trouve naturellement son homogénéité autour des rites funéraires et de la religion.

Un second axe important s’est constitué avec les collections de monnaies : les arvernes ont été parmi les premiers à frapper leur monnaie en Gaule peut-être dès le 3ème siècle avant Jésus-Christ et des ateliers ont été repérés par la recherche archéologique dans les proches campagnes autour de la Ville. A ce jour, la numismatique est représentée par une belle collection gauloise, une collection romaine et gallo-romaine, et une collection médiévale (époques mérovingienne et 14-15ème s.). Outre l’étude pure de la numismatique en Auvergne, ces ensembles de monnaies ouvrent des perspectives sur le monde des échanges et du commerce qui sont encore en cours d’étude.